畜牧系統(tǒng)工程的實踐證明，研究解決復雜的畜牧工程問題應遵循六項基本原則，即輸出無害原則，整體最優(yōu)原則，結構第一原則，組裝配套原則，起點非零原則和實踐為上原則。離開這些指導原則，往往會導致畜牧系統(tǒng)工程運用的失敗。

一、輸入無害原則

由于系統(tǒng)和環(huán)境的密切關系，它們彼此相互影響和相互制約。畜牧系統(tǒng)類似“轉化器”，不斷地將環(huán)境輸入的物質、能量、信息，經(jīng)過系統(tǒng)內部的轉化，在建造和完善系統(tǒng)本身的同時，也不斷向環(huán)境輸出物質、能量和信息。在輸出過程中要注意有害輸出.如共廢、污染等。

二、整體最優(yōu)原則

整體性原則是畜牧系統(tǒng)工程的核心。在考察和評價畜牧系統(tǒng)功能時，要把整體性原則放在首位，局部最優(yōu)不等于整體最優(yōu)。有時為了整體最優(yōu)，寧可放棄局部最優(yōu)。強調整體最優(yōu)，并不意味著可以忽視局部最優(yōu)，而是強調在整體最優(yōu)的控制下，逐步協(xié)調實現(xiàn)局部優(yōu)化的間題。

三、結構第一原則

結構決定功能，是系統(tǒng)工程基本原理之一。所謂結構是指系統(tǒng)內部各子系統(tǒng)之間，各元素之間在空問或時間上的組織形式以及它們相互之間的關系。而系統(tǒng)功能則體現(xiàn)一了系統(tǒng)與外部環(huán)境之間在物質、能量，信息的輸入與輸出的方面的交換關系。結構與功能的關系是對立統(tǒng)一的，它們既相互依存，又具有相互獨立性。在畜牧系統(tǒng)工程中，研究評價和解決任何系統(tǒng)問題時，第一位應該考慮系統(tǒng)的結構問題。也就是說，首先從結構問題入手，來解決畜牧系統(tǒng)問題。

四、組裝配套原則

組裝配套原則是指在畜牧系統(tǒng)工程的開發(fā)活動中，要充分利用國內外一切現(xiàn)成的單項先進科技成果，在滿足目標要求和結合客觀實際的前提下，從中選優(yōu)，合理組裝、配套。

五、起點非零原則

所謂起點非零原則是指：一切現(xiàn)實畜牧系統(tǒng)都不是從零開始的。在設計、評價畜牧系統(tǒng)時一是要注意畜牧系統(tǒng)的歷史發(fā)展過程；二是在設計和改造畜牧系統(tǒng)時，不能進行理想化的假設和完全照搬外地成功模式。因為任何一個農(nóng)業(yè)系統(tǒng)包括畜牧系統(tǒng)在內，都是幾千年來在自然環(huán)境、社會環(huán)境、經(jīng)濟環(huán)境、政治環(huán)境、文化環(huán)境的作用下演變和發(fā)展形成的客觀系統(tǒng)。這就要求人們必須面對客觀現(xiàn)實，因地制宜，揚長避短，有的放矢地處理畜牧系統(tǒng)問題。

六、實踐為主原則

畜牧系統(tǒng)實踐為主的原則包含兩個方面的內容，一為問題導向原則，根據(jù)問題確定研究方法，而不是用固定的方法去套問題，二為不可代替原則，即不能用系統(tǒng)模型的優(yōu)化解代替實施結果。就是要從實際出發(fā)，用實踐結果來檢驗畜牧系統(tǒng)的活動。在實踐中，遇到問題時，先不要急于尋找解決問題的方法，而是力求全面正確地認識問題，然后再充分利用自己的知識和經(jīng)驗看是否有現(xiàn)成的方法，如果沒有，則要想辦法創(chuàng)造適合面臨問題的新方法去解決問題。這就是問題導向原則。另一方面，有時存在一種急于求成的現(xiàn)象，在處理復雜的農(nóng)業(yè)系統(tǒng)問題時，常常以建立的優(yōu)化模型和計算的優(yōu)化結果為依據(jù)，發(fā)表論文，鑒定成果，好像問題就此解決了，但常常會出現(xiàn)優(yōu)化模型和計算機模擬結果與系統(tǒng)的實施運行結果差距很大，二者是不可完全代替的，這就是不可代替原則。